スペインのエルサルバドル征服と植民地化は、1524年にペドロ・デ・アルバラドが率いるグアテマラからの遠征隊の到着で始まった。 アルバラードの軍隊は、レンパ川西の地域の大部分を占めていたナフア族のピピルという部族の強い反対に遭いました。 しかし、優れた戦術と武器により、スペイン軍はピピル族の首都クスカトランまで前進することができた。 アルバラードはすぐにグアテマラに戻ったが、1525年に2度目の遠征を行い、クスカトランの近くにサンサルバドルというスペイン人の町を設立した。
その後、サンサルバドルの町は、現在のエルサルバドルの領土の東3/4の大部分を含む同名の県の首都として機能するようになる。 ピピル人がイザルコスと呼んだ西側の地域（現在のソンソナテ、サンタアナ、アフアチャパン地域）は、1558年にソンソナテ自治州として組織され、エルサルバドルの一部として組み込まれるのは1823年でした。
エルサルバドル形成後の土地は、ガテマラ総領事の農業中心地帯となりました。 住民のほとんどは自給自足の農業に頼らざるを得なかったが、より幸運なスペイン人は、「好況と不況」の時期を経験したさまざまな地元産品の輸出に富を見出した。 16世紀、最も重要な富の源泉はカカオであった。 しかし、他の植民地との競争激化により、1590年にはカカオの収入は著しく減少し、翌世紀は明らかに停滞期となった。 1700年代には藍の輸出が増加し、回復した。
藍の貿易により、商業的農業がかなり洗練された形で発展し、地方行政で主導的役割を果たす家族が運営する大農園が誕生した。 しかし、先住民にとって藍のブームは、すでに疲弊していた労働力に新たな負担がかかることを意味した。