南太平洋で最も重要な海流はフンボルト海流（発見・研究したドイツの自然科学者アレクサンダー・フォン・フンボルトにちなんで名付けられた）、別名ペルー海流で、南米の海岸に沿ってバルディビア（チリ南部の都市）からブランコ岬まで北に向かって流れています。 南米大陸の海底に吹く南と南東からの風によって、海水準が変化し、海流が保たれる。 この海流の最大の特徴は、海底の冷たい水が湧き出すため、水温が15℃から19℃と低いことです。また、塩分濃度が低く、その緑色は周囲の青い水とコントラストをなしています。 チリ北部やペルー南部の天候に大きな影響を与え、海流の温度が低いため、これらの地域では降雨量が減り、乾燥化が進んでいる。 夏の間、フンボルト海流の北側の海溝に、南へ向かう海流が割り込み、南緯15度までペルーの海岸に沿って流れることがある。 この海流はエルニーニョと呼ばれ、沿岸の冷たい海水が一時的になくなり、ペルーに強い降雨をもたらす。 赤道付近では、フンボルト海流の海水は西に逸れ、南赤道海流の海水と混じり合って太平洋をアジアまで流れていく。 この暖流の支流は南下し、東洋のオーストラリア沿岸付近を通り、太平洋南部で冷たい南極海流と混じり合う。