サタデー・ナイト・ライブ以前は、サンセット大通りのレストラン「クラビングス」でホステス、マリーナ・デル・レイのスーパー「ゲルソンズ」でフードデモガールとして働いていた。 1989年、ロバート・イングランド主演のホラー映画『オペラ座の怪人』のリメイク版で、メグという脇役を演じ、初めて大きな映画のオーディションを受け、出演を果たした。 1991年、『ツイン・ピークス』の第2シーズンに “幸せのお手伝いさん “として短い出演を果たし、1993年には『In Living Color』の3つのエピソードに端役で出演。1つ目はクリス・ロック役のショーン・ウェイアンズと偽のテレビコマーシャル、2つ目はロス市警巡査ステイシー・クーン役のジム・キャリーとスケッチ、そして3つ目は『スター・トレック』のパロディであった。
シャノンが大ブレイクしたのは、1995年2月、ガロファロがクリエイティブの違いからシーズン途中で降板した後、ジャネーン・ガロファロの後任として『サタデー・ナイト・ライブ』のフィーチャー・プレイヤーとして採用されたときであった。 ローン・マイケルズがシーズン 21（1995-96）のためにキャストと脚本を一新した際、シャノンは（デヴィッド・スペード、ノーム・マクドナルド、マーク・マッキニー、ティム・メドウズとともに）残された数少ないキャストの 1 人だった。
1997 年の『サインフェルド』の「ジョージの夏」という回に出演、歩きながら腕を振らないためエレーン・ベネスをおかしくした同僚サム役で出演している。 また、シェリル・クロウの「A Change (Will Do You Good)」のビデオにも出演し、「ウィル&・グレイス」では、グレイス・アドラーの宿敵で、おかしな隣人ヴァル・バセット役を演じ、8シーズン中、5エピソードに出演した。 1998 年には、当時 SNL のキャストでもあったウィル・フェレルとクリス・カッタンが出演した映画『A Night at the Roxbury』でエミリー・サンダーソン役を演じ、『セックス・アンド・ザ・シティ』にも多くのエピソードで出演している。
1999年、シャノンは、彼女の最も有名なSNLキャラクター、メアリーキャサリンギャラガー、音楽のスーパースターになることを熱望する不器用なカトリック学校の学生に基づいて長編映画、スーパースターに主演しました。 シャノンは2001年にSNLを去り、ビクトリア・ジャクソンを抜いて同番組で最も長く出演している女性キャストとなった（その後、レイチェル・ドラッチ、マヤ・ルドルフ、エイミー・ポーラーに抜かれた）。 2003年には、ロマンティック・コメディ「My Boss’s Daughter」とテレビ版リメイク「The Music Man」に出演。
2004年にはマイク・ホワイトが製作した短命テレビシリーズCracking Upで俳優ジェイソン・シュワルツマンと共にFoxネットワークで主演を務める。 同年、『スクラブス』のエピソードにゲスト出演し、映画『グッドボーイ！』ではベイカー夫人役で主演した。 2006年、シャノンはソフィア・コッポラ監督の映画『マリー・アントワネット』にヴィクトワール伯母さん役で出演している。 翌年、シャノンは ABC の「プッシング・デイジー」にゲスト出演し、映画「エバン・オールマイティ」にも出演しています。 シャノンも珍しくドラマに進出し、2007年にマイク・ホワイト監督の映画『イヤー・オブ・ザ・ドッグ』に出演した。 2013年、シャノンはHBOの番組『Enlightened』でホワイトの恋敵アイリーンを演じて再び参加し、エミー賞の優秀ゲスト女優賞にノミネートされた。
シャノンは2007年5月12日に『サタデー・ナイト・ライブ』で司会を務め、元女性キャストとしてはジュリア・ルイス＝ドレイファス以来2人目、ローン・マイケルズに所属したキャストとしては初となった（ルイス＝ドレイファスはディック・エバーソルに所属したキャストである）。
2011年10月2日、カリフォルニア州オレンジ郡のチルドレンズブックフェスティバルで、初の児童書『Tilly the Trickster』を宣伝するシャノンさん。
2008年、シャノンはオーストラリアのヒット・コメディ『キャス＜8420＞キム』のアメリカ版でキャスとして主演しました。
2010年初め、シャノンはフォックスのテレビシリーズ『Glee』で、主人公スー・シルベスターと対立する天文学・バドミントン教師ブレンダ・カッスルとしてレギュラー出演しています。
2010年5月8日の母の日の特別エピソードや、2010年10月の再結成スペシャル「Women of SNL」で『サタデー・ナイト・ライブ』に復帰した。
2010年10月12日にブロードウェイで再演された「Promises, Promises」では、ケイティ・フィネランに代わってマージ・マクドゥーガル役を演じ、共演のショーン・ヘイズやクリスティン・チェノウェスと共に2011年1月2日の終了まで在籍した。
シャノン初の児童書『Tilly the Trickster』が2011年9月1日に発売された。
2012年春の時点で、ポーリー・ペレットの代わりにエクスペディアのスポークスマンを務めている。
2015年には、シャノンはアルフォンソ・ゴメス=レジョン監督のサンダンス初演『Me and Earl and the Dying Girl』で主演を務めている。 2015年6月9日、The Tonight Show Starring Jimmy Fallonにデニス・リアリーとともにゲスト出演しました。
2016年、シャノンはHBOコメディ『Divorce』でサラ・ジェシカ・パーカー、トーマス・ヘイデン・チャーチと共演。
シャノンは高評価のドラマ『Other People』で2017年フィルム・インディペンデント・スピリット賞助演女優賞を獲得しました。 彼女は2017年のサンダンス映画祭で2つの映画『The Little Hours』と『Fun Mom Dinner』をプレミア上映しました。
2018年、シャノンは架空のローカルテレビのパーソナリティ、ティシュとコードとして、Amazon Prime Videoでウィル・フェレルとローズパレードを共同司会しています。 2018年、シャノンとフェレルは、ハリー王子とメーガン・マークルの結婚式のHBOの放送を、登場人物のティシュとコードとして共同司会しました
2018年、シャノンは、絶賛されたNetflix映画『プライベートライフ』で、ゲスなシンシアを演じ、キャスリン・ハーン、ポール・ジアマッティ、ケイリー・カーターの相手役として共演しました
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