1999年12月31日、米国はトリホス・カーター条約に基づき、パナマ運河の管理を正式に譲渡し、戦略水路は初めてパナマ側の手に渡りました。 この運河は大西洋と太平洋を結び、1914年8月15日にSSアルコン号が通航して正式に開通したもので、大勢のパナマ市民がその譲渡を祝いました。 それ以来、100万隻以上の船がこの運河を利用しました。
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大西洋から太平洋への近道を見つけることへの興味は、1500年代初頭の中央アメリカの探検家たちに端を発します。 1523年、神聖ローマ皇帝カレル5世はパナマ地峡の調査を依頼し、いくつかの運河計画が作成されましたが、どれも実現されることはありませんでした。 1848年、アメリカ西部の拡大とカリフォルニアのゴールドラッシュにより、アメリカは運河建設に関心を持つようになった。 (今日、ニューヨークからサンフランシスコに向かう船は、南米を周遊するよりもパナマ運河を利用した方が約7,800マイルを節約できます)
1880年、スエズ運河の建設者が経営するフランスの会社がパナマ地峡（当時コロンビアの一部）を渡る運河掘削に着手しました。 この工事初期に黄熱病などの熱帯病で2万2千人以上の労働者が死亡し、結局会社は倒産、1902年に4000万ドルで米国に事業権を売却した。 セオドア・ルーズベルト大統領は、運河をアメリカの経済的・軍事的利益にとって重要なものだと考え、これを支持した。 1903年、パナマは米国の支援する革命によりコロンビアからの独立を宣言し、米国とパナマはヘイ＝ブナウ＝ヴァリラ条約を締結し、米国はパナマに1000万ドルと運河用地の永久リース料として毎年25万ドルを支払うことに同意しました。 1977年、ジミー・カーター米大統領とパナマのオマール・トリホス将軍は、20年近くにわたるパナマ人の抗議に応え、1903年の元の協定に代わる2つの新しい条約に署名し、1999年に運河の管理を移管することを要求しました。 この条約は米国上院で僅差で批准され、アメリカは運河の中立性を脅かすいかなる脅威に対しても、継続的に運河を防衛する権利を有することになりました。 2006年10月、パナマの有権者は、2015年までに運河の大きさを2倍にし、近代的な船舶に対応できるようにする52億5000万ドルの計画を承認しました
船舶は、それぞれの船の大きさと貨物量に基づいて運河の利用料金を払います。 2006年5月、マースク・デルリス号は過去最高の24万9,165ドルの通行料を支払った。 史上最も安い通行料は、1928年にこの運河を泳いだリチャード・ハリバートンが支払った36セントである。