双方が手を引いた後（クロアチアの独立が承認された）、ボスニア・ヘルツェゴビナでも同様の力学が展開されはじめた。 この共和国はクロアチアとスロベニアに続いて1992年3月に独立を宣言したが、その時点ではすでにセルビア人の指導者が他の共和国からの独立を宣言していた。 ボスニアの東部と西部では、セルビア人民兵がボスニア人の独立を否定するために、また、ボスニア人を根絶やしにするために、最も激しく市民を巻き込んだ紛争が起こった。 このキャンペーンに対する国際的な対応は、ボスニア人市民をセルビア人民兵から保護する「安全地域」の設定であった。 しかし、民兵はこの安全地帯を標的にした。 最も有名なのは、セルビア民兵がスレベニツァの安全地帯を制圧し、ボスニア人市民を近くの国連基地に避難させたことである。 しかし、民兵のリーダーであるラトコ・ムラディッチ率いる部隊は、国連軍を説得し、男性と女性や子どもを分離することを許可させた。 後者はボスニア人勢力が支配する区域に強制送還された。 7,000人以上いた前者は虐殺された。 その後、ユーゴスラビア国際刑事裁判所と国際司法裁判所が、この虐殺をジェノサイド（大量虐殺）と判断しました。
その後、ユーゴスラビアに残るマケドニアとモンテネグロが分離し、旧コソボ自治州も分離しました。 いずれの場合も、コソボで最も激しく、アイデンティティに基づく線引きで定義された市民に対する暴力が存在した。 1999年、多国籍軍が10週間にわたってセルビア軍に対する空爆作戦を行ったが、西側指導者は、コソボの独立願望への対応として、コソボで再び民族浄化作戦が行われるのではないかと懸念していた。 イェール大学トランブル・カレッジの講師兼学長であるJasmina Besirevic-Reganは、GSPの顧問の一人である。