再発性アフタ性口内炎（RAS）の素因を同定し、改善する。 また、特に硬いものや尖ったもの（トースト、ポテトチップスなど）を食べず、口腔粘膜への外傷を避けるようにする。 鉄またはビタミンの欠乏は、その原因が明らかになった時点で是正されるべきである。 特定の食品との関係が明らかな場合は、それらを食事から排除する必要がある。 アレルギーを明らかにするために、パッチテストが適応されることもある。 潰瘍が月経周期または経口避妊薬の使用と関連している患者は、黄体ホルモン剤による排卵の抑制または経口避妊薬の変更が有効である場合がある。 しかし、一部の患者では、数年後に自然に寛解する。したがって、不快感が著しい場合は、これらの患者に治療が適応となる。 痛みの緩和と潰瘍の持続時間の短縮が治療の主な目標である。 治療法には様々なものがあるが、局所的に使用される副腎皮質ホルモンと抗菌薬が最も効果的であることが客観的に証明されている。
副腎皮質ステロイド（TC）外用は、依然として治療の中心である。 さまざまな種類の副腎皮質ステロイドを使用することができる。 最高でも、TCは痛みを伴う症状を軽減するが、潰瘍の再発率を下げることはできない。 よく使われる製剤は以下の通り：
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Hydrocortisone hemisuccinate pellets (Corlan), 2.5mgを1日4回使用
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Triamcinolone acetonide in carboxymethyl cellulose paste (Adcortyl in Orabase , Kenalog), 4 times daily
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Betamethasone sodium phosphate as a 0.5mg錠を15mLの水に溶かして洗口液とし、1日4回、1回4分間使用
ハイドロコルチゾンとトリアムシノロン製剤はどちらも副腎抑制が顕著でないので人気があるが、やはり潰瘍の再発がある。
ベタメタゾン、フルオシノニド、フルオシノロン、フルチカゾン、クロベタゾールはヒドロコルチゾンやトリアムシノロンより強力で有効だが、副腎皮質抑制の可能性とカンジタ症になりやすいという問題がある。
不快感を軽減できる他の外用薬には、非ステロイド性抗炎症薬（NSAIDs）のジクロフェナクとアムレキサノックスペーストがあります。 また、いわゆる「魔法の洗口液」（MMW）を1日3〜4回振りかけると、痛みが緩和されることがあります。 MMWはいくつかの製剤で入手できるが、その一例は以下の通り：
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1部 粘性リドカイン2％
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1部 Maalox (Kaopectate の代わりにしてはならない)
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1部 ジフェンヒドラミン (12.mg／5mL）＜5284＞＜1921＞＜7910＞＜5817＞＜5284＞＜5284＞塩酸ベンジダミン洗口液は、プラセボより有益ではないが、一過性の疼痛緩和をもたらすことができる。 クロルヘキシジングルコン酸塩と生体接着剤（ゲルクレール）洗口液は潰瘍の重症度と痛みを軽減するが、頻度は軽減しない。
局所テトラサイクリン薬は潰瘍の重症度を軽減するが、再発率に変化はない。 ドキシサイクリンカプセル100mgを水10mLに溶かして3分間洗口投与するか、テトラサイクリン500mgとニコチン酸アミド500mgを1日4回投与すれば、潰瘍の緩和と期間の短縮が期待できる。 テトラサイクリンを摂取して歯の着色を起こす可能性のある12歳未満の子供には、テトラサイクリンを避ける。
RASが局所対策に反応しない場合、全身性の免疫調節剤が必要となることがある。 幅広い種類の薬剤が有益であることが示唆されているが、これらの薬剤の有効性を評価する研究はほとんど行われていない（あるいはその副作用が重大である）。 サリドマイド50-100mg/日は、潰瘍は3週間以内に再発する傾向があるが、重度のRASに対して有効である。
経口ビタミンB-12は、RASの再発を有意に減少させるか、除去することができる。 例えば、Volkovらによる無作為二重盲検プラセボ対照研究では、毎日1000μgのビタミンB-12を6ヶ月間舌下投与した患者では、患者の初期のB-12血中濃度にかかわらず、5ヶ月と6ヶ月目に潰瘍数と痛みのレベル、および発生期間が著しく減少することが判明した。 さらに、治療開始6ヶ月目には、B-12服用患者の74.1％が「アフタ性潰瘍のない状態」を達成したのに対し、対照群では32.0％であった。
RASに使用される他の薬物で、本格的な科学的評価を受けているものはほとんどない。 これらは、アロエベラ、生物製剤、トランスファーファクター、ガンマグロブリン療法、クロモグリク酸ナトリウムトローチ、ダプソン、コルヒチン、ペントキシフィリン、レバミゾール、コルヒチン、アザチオプリン。 プレドニゾロン、アゼラスチン、α2-インターフェロン、シクロスポリン、脱脂甘草湯、5-アミノサリチル酸（5-ASA）、プロスタグランジンE2（PGE2）、スクラルファート、ジクロフェナク、アスピリンなど。
Albrektsonらによる無作為化単盲検プラセボ対照試験で、低レベルレーザー療法がRASの痛みを緩和することが示された。 40人のRAS患者を対象としたこの研究では、レーザー治療を受けた患者は、プラセボを受けた患者よりも飲食や歯磨きがしやすいことも明らかになりました。