Después de que ambos bandos se retiraran (y la independencia de Croacia recibiera el reconocimiento), comenzó a desarrollarse una dinámica similar en Bosnia y Herzegovina. Esta república siguió los pasos de Croacia y Eslovenia y declaró su independencia en marzo de 1992, aunque los líderes serbios ya habían declarado su propia independencia del resto de la república. El conflicto subsiguiente afectó más intensamente a las poblaciones civiles de las zonas oriental y occidental de Bosnia, donde las milicias serbias lucharon para negar la independencia de Bonsia y, en su defecto, para erradicar a la población bosnia de esas regiones. La respuesta internacional a esta campaña fue crear «zonas seguras» en las que los civiles bosnios debían estar protegidos de las milicias serbias. Sin embargo, las milicias atacaron las Áreas Seguras de todas formas. Lo más notorio es que una milicia serbia invadió la Zona Segura de la ciudad de Srebenica, lo que llevó a la población civil, mayoritariamente bosnia, a buscar refugio en la base de las Naciones Unidas situada en las cercanías. Allí, sin embargo, las fuerzas dirigidas por el líder de la milicia, Ratko Mladic, convencieron a las fuerzas de la ONU para que les permitieran separar a los hombres de las mujeres y los niños. Estos últimos fueron deportados a la zona controlada por las fuerzas bosnias. Los primeros, que eran más de 7.000, fueron masacrados. La jurisprudencia posterior, tanto del Tribunal Penal Internacional para Yugoslavia como de la Corte Internacional de Justicia, determinó que la masacre constituía un genocidio.
Más tarde, las restantes repúblicas yugoslavas de Macedonia y Montenegro se separaron, al igual que la antigua provincia autónoma de Kosovo. En todos los casos, la violencia contra los civiles se definió en función de la identidad, con mayor intensidad en Kosovo. En 1999, una fuerza multilateral llevó a cabo una campaña de bombardeos de diez semanas de duración contra las fuerzas serbias, de las que los líderes occidentales temían que fueran a emprender otra campaña de limpieza étnica en Kosovo como respuesta a las aspiraciones independentistas de este país.
El Programa de Estudios sobre el Genocidio ha impartido numerosos seminarios relacionados con los acontecimientos de la región de los Balcanes. Jasmina Besirevic-Regan, profesora y decana del Trumbull College de Yale, forma parte del consejo asesor del GSP.