El tratamiento de la disforia de género se centra en aliviar la angustia del paciente en torno a su identidad de género. Esto a menudo implica una psicoterapia -y una terapia conductual dialéctica en particular- en la que un terapeuta valida sus emociones y les ayuda a desarrollar habilidades de afrontamiento eficaces, para evitar cosas como la autolesión y el suicidio. Si la angustia les ha llevado a la depresión o la ansiedad, éstas pueden tratarse con terapia o medicación. Los terapeutas también trabajan con los pacientes con disforia de género, y con sus familias, para ayudarles a determinar la mejor manera de dar forma a su expresión de género para obtener el resultado más saludable.
Algunos pacientes desean terapia hormonal o cirugía de reasignación de sexo; otros no. Las organizaciones de transexualidad y endocrinología recomiendan esperar al menos hasta los 16 años para iniciar el tratamiento hormonal, pero hay que tener en cuenta qué es lo mejor para cada persona. El tratamiento hormonal para suprimir la pubertad durante varios años se utiliza a veces para dar tiempo al paciente a decidir si se somete a la cirugía; puesto que detiene el desarrollo de las características sexuales secundarias -el desarrollo de los pechos o el engrosamiento de la voz y el crecimiento del vello facial- también evita la angustia añadida de que el cuerpo del paciente actúe de una manera que no se ajusta a su género afirmado.