Aunque hay mucha diversidad representada en las estructuras reproductivas del filo Nemata, hay muchas características que son típicas del filo. Las estructuras reproductivas masculinas básicas incluyen: un testículo, una vesícula seminal y un conducto deferente que desemboca en una cloaca. Lo más habitual es un testículo, pero en algunas especies hay dos, mientras que en otras un testículo es reducido. Esto se ilustra en los dibujos de H. Hirschmann, en Plant Parasitic NematodesVol. I, 1971, Academic Press pg. 52-53. La presencia de una o dos espículas copuladoras ayuda a dializar la vulva y también puede servir como canal para los espermatozoides. Las espículas están hechas de cutícula endurecida y terminan en dendritas sensoriales cerca de la punta. A menudo, la pared del cuerpo que rodea la cloaca está modificada en forma de abursa, lo que ayuda a orientar al nematodo macho y a mantener unidos a los dos nematodos.
Los espermatozoides son amaeboides y pueden tener muchas modificaciones diferentes. Algunos espermatozoides tienen una forma entre redonda y ovoide, mientras que otros se asemejan a los espermatozoides flagelados. Diferentes tipos de espermatozoides caracterizan diferentes grupos taxonómicos de nematodos.
Las estructuras básicas de las hembras incluyen: uno o dos ovarios, receptáculos seminales, úteros, ovijector y una vuvla. El ovario produce oogonias, que posteriormente se convierten en oocitos. Los receptáculos seminales, a veces convertidos en espermateca, almacenan los espermatozoides hasta que son necesarios para fecundar un ovocito. El ovocito fecundado se convierte entonces en un óvulo en el útero. El útero suele terminar en un ovijector. El ovijector es muy musculoso y utiliza el movimiento del cuerpo combinado con la alta presión interna del nematodo para expulsar el huevo a través de la vagina. Todos los nematodos ponen huevos. La singamia, o fecundación cruzada, es común en la mayoría de los nematodos. También se da el hermafroditismo, ya que las nematodegónadas producen primero los espermatozoides y los almacenan hasta que se producen los huevos. La partenogénesis también es un medio normal de reproducción en los somenemátodos.