Al principio Rodolfo creció en Viena rodeado de una horda de hermanos cada vez mayor. Luego, en 1563, a la edad de once años, fue enviado a vivir con su tío el rey Felipe II en la corte española. En aquella época, España era una potencia mundial y la corte española marcaba la pauta en materia de estilo de vida y cultura. Sin embargo, el motivo ulterior era alejar al joven archiduque de la influencia de su padre, conocido por sus opiniones extremadamente tolerantes en materia religiosa. Rodolfo debía ser educado en un ambiente de ortodoxia católica, al abrigo de las corrientes protestantes que se habían impuesto en Europa Central. El joven archiduque iba a ser el futuro gobernante supremo del Sacro Imperio Romano Germánico, y a los ojos de España, la línea principal de la dinastía, era imperativo que fuera criado y educado de acuerdo con el concepto de poder universal de los Habsburgo bajo la bandera del catolicismo, que había sido la misión de la dinastía desde el reinado de Carlos V.
Habiendo sido educado en esta línea, Rodolfo regresó a Europa Central como un príncipe de la dinastía seguro de sí mismo. Su educación española le había puesto en contacto con el catolicismo tradicional mediterráneo que no se veía afectado por las ideas de la Reforma. Sin embargo, era el componente político de la religión el que estaba en primera línea de su pensamiento, ya que entendía el catolicismo ante todo como un instrumento para apuntalar el poder de un monarca. Como individuo no destacó especialmente por su excesiva piedad.
En 1572 fue elegido por los Estados como sucesor de su padre en el trono de Hungría, y en 1575 reconocido como rey de Bohemia. Ese mismo año Rodolfo fue confirmado por los electores en Ratisbona como sucesor de su padre en el Imperio. Sólo unos meses después, en 1576, Maximiliano II murió repentinamente. Con veinticuatro años, Rodolfo era ahora un gobernante que veía su papel como el de mediador entre los extremos, tanto en el Imperio como en sus dominios patrimoniales.
En 1583 la corte imperial se trasladó de Viena a Praga, que ahora se ampliaría como una magnífica residencia. El joven emperador era considerado muy culto, talentoso y prometedor, pero también totalmente imbuido del concepto de dignidad imperial, la manifestación más clara de su socialización en la corte española. Durante las primeras décadas de su reinado, Rodolfo llevó a cabo con habilidad la ampliación sistemática de sus derechos soberanos.
Sin embargo, pronto se manifestaron los lados oscuros de su carácter. El emperador era a veces incoherente y carecía de la convicción de sus decisiones. Fases de actividad maníaca eran seguidas por rachas de total apatía.