Jan van Helmont fue un pintor de temas históricos, escenas de género y retratos. Pintó muchos retratos de personalidades destacadas de su época, como el de Johannes Jacobus Moretus y su esposa Theresia Mechtildis Schilders (1717, Museo Plantin-Moretus), los entonces propietarios de la imprenta Plantin Moretus de Amberes. Recibió regularmente encargos de las autoridades de la ciudad de Amberes para pintar retratos de personajes históricos como Alejandro Farnesio, duque de Parma, y para restaurar los retratos de los 34 soberanos en la sala de estado del Ayuntamiento de Amberes.
Algunos de los retratos de van Helmont fueron grabados posteriormente por el grabador holandés Jacob Houbraken. Un ejemplo es el Retrato de Adriaan van Borssele van der Hooge, que fue grabado por Houbraken a partir de un dibujo realizado por Aart Schouman tras una pintura de Jan van Helmont. Jan van Helmont realizó diseños para los grabados del grabador de Amberes Gaspar Bouttats. Un ejemplo es el Escudo en un óvalo flanqueado por ángeles (c. 1674 Museo Británico), que es un grabado de Bouttats tras un dibujo de van Helmont de una placa conmemorativa para la noble dama Isabelle de Berchem.
Jan van Helmont realizó pinturas de historia sobre temas religiosos para las iglesias de todo Flandes, incluidas las de Aalst, Willebroek y Wambeek.
La colección del Museo de Historia Militar de Viena conserva una «escena de la sala de guardia» de Jan van Helmont. Una escena de sala de guardia suele representar una escena con oficiales y soldados que se divierten. Las escenas de la sala de guardia solían incluir a mercenarios y prostitutas repartiéndose el botín, acosando a los cautivos o participando en otras formas de actividades reprobables. El género se hizo popular a mediados del siglo XVII, sobre todo en la República Holandesa. En Flandes también hubo algunos practicantes del género, como David Teniers el Joven, Abraham Teniers, Anton Goubau, Cornelis Mahu, Jan Baptist Tijssens el Joven y el padre de Jan van Helmont, Mattheus. La composición de Van Helmont representa a soldados delante de una puerta. A la izquierda hay un soldado que sostiene una bandera sobre un cañón, un montón de armas, una armadura y un tambor. La armadura representada en el cuadro ya era obsoleta en el momento en que se pintó, ya que las armaduras metálicas, las corazas y los cascos dejaron de utilizarse a partir de la década de 1620. Es posible que, en consonancia con la intención moralizadora del género, la armadura sea una referencia al motivo de la vanitas de la fugacidad del poder y la fama.