Los ideales de la Ilustración sobre el racionalismo y la libertad intelectual y religiosa impregnaron el panorama religioso colonial americano, y estos valores fueron decisivos para la Revolución Americana y la creación de una nación sin religión establecida.
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La Ilustración fue un movimiento internacional de ideas y sensibilidades de los siglos XVII y XVIII, que enfatizaba el ejercicio de la razón crítica en oposición al dogmatismo religioso o la fe irreflexiva. Se desarrolló junto con el auge del pensamiento científico independiente del pensamiento religioso y destacó la importancia de la naturaleza y el orden natural como fuente de conocimiento. Como reacción a las guerras de religión en Europa, los pensadores de la Ilustración defendieron la tolerancia religiosa y la libertad de culto. Su énfasis en la libertad intelectual y los derechos humanos condujo a un conflicto entre los defensores de estas nuevas ideas y los establecimientos políticos y religiosos de Europa, más dramáticamente en Francia.
La Ilustración en América, más moderada que en Europa, influyó en el pensamiento religioso y político en todas las colonias. Muchos sostienen que su enfoque de la tolerancia religiosa adquirió importancia en América en gran parte porque ningún grupo religioso pudo reunir los votos necesarios para imponerse en la incipiente república. Líderes como Thomas Jefferson y Benjamín Franklin fueron considerados parangones del pensamiento de la Ilustración, y el racionalismo religioso amante de la libertad de sus ideas ayudó a sentar las bases de la Declaración de Independencia y la Constitución de los Estados Unidos.
La Ilustración también generó controversia religiosa. Muchos de sus defensores, muchos de los cuales eran ellos mismos cristianos, a menudo desestimaron la nueva religión revivalista del Gran Despertar como emocionalmente excesiva. Los protestantes evangélicos, por su parte, solían considerar que el racionalismo, la tolerancia religiosa y otros ideales de la Ilustración eran peligrosos para la piedad y la solidaridad nacional en la incipiente república. Los historiadores suelen plantear esta controversia en términos de un conflicto entre quienes favorecían la religión racional y quienes se oponían a ella defendiendo una religión emocional del corazón. Pero la Ilustración estaba tan presente en las colonias que pocos americanos permanecieron totalmente ajenos a su espíritu.
Tanto el emocionalismo de la religión revivalista como los ideales razonados asociados a la Ilustración desempeñaron un importante papel en la Revolución Americana. Los revolucionarios procedían de todos los campos religiosos y la mayoría de ellos compartían un compromiso común con la libertad de religión. Sin embargo, la mayoría de los revolucionarios -aunque ciertamente no todos- no lucharon por la libertad religiosa para todos, sino para sus sectas o denominaciones particulares. No obstante, no se puede exagerar el impacto de la Revolución y la posterior adopción de la Constitución en el cristianismo estadounidense. Este periodo sentó las bases de un audaz experimento de libertad religiosa que no se parecía a ninguna otra concepción de las relaciones entre el Estado y la religión de la época.
La Constitución prohibió el «establecimiento» de la religión por parte del Estado, obligando así tanto a los anglicanos como a los congregacionalistas a abandonar sus prerrogativas tradicionales de apoyo estatal, lo que supuso un audaz abandono de la tradición. Todas las iglesias y otras organizaciones religiosas que habían surgido durante el periodo colonial se reconstituyeron necesariamente bajo las nuevas directrices constitucionales. Sin embargo, hasta la década de 1830, se entendía que esto se aplicaba únicamente al gobierno federal; los estados podían decidir por sí mismos si tenían o no iglesias apoyadas por el Estado. En cualquier caso, esta perspectiva, que consideraba a todas las iglesias iguales ante la ley federal, afirmaba más o menos que las iglesias eran organizaciones voluntarias sin autoridad coercitiva formal sobre quienes no deseaban pertenecer a ellas.
La Revolución y la Constitución pasaron a formar parte del mito de América, la poderosa historia fundacional que se cuenta sobre los orígenes de Estados Unidos. Esta historia comienza con la visión de crear una nueva sociedad cristiana en suelo americano y pasa a la idea de una sociedad basada en el compromiso con la libertad religiosa. Sin embargo, la visión trascendente y decidida del destino de Estados Unidos se mantuvo. Esta visión fomentó el desarrollo de lo que ha llegado a llamarse la «religión civil» de Estados Unidos: la creencia en la misión especial de Estados Unidos como sociedad basada en la igualdad ante la ley, la libertad de conciencia, la tolerancia religiosa y el espíritu de servicio voluntario.