Legado
En la plenitud de su vida, Fernando fue descrito como un hombre de ojos azules, algo corpulento y de mediana estatura que vestía el traje de la corte española. Monarca bondadoso, benévolo y afable, estaba imbuido de la creencia en el esplendor de la corona imperial y la grandeza de su dinastía. Además del alemán, hablaba italiano, francés y español, era aficionado a la música y le gustaba leer libros religiosos, pero su pasión era la caza. Aunque mantenía una corte frugal, era un mal financiero que regalaba con demasiada generosidad la mayor parte de los bienes confiscados a sus fieles seguidores. Católico muy piadoso, favoreció especialmente a los jesuitas. Sin embargo, al basar su política principalmente en principios religiosos, sufrió discrepancias entre sus objetivos religiosos y las máximas de una razón de Estado moderna. Hombre indeciso, dependía mucho de la influencia de sus consejeros y de sus confesores jesuitas. Sin embargo, ante las vicisitudes de la guerra, mostró mucha firmeza, aunque a menudo le faltó agilidad política. Persona de talentos y voluntad moderados, ejerció sin embargo una fuerte influencia en los acontecimientos de su tiempo por su estricta e intransigente política religiosa.
Al promover la Contrarreforma, Fernando II marcó el rumbo de la política austriaca de los Habsburgo para el siglo siguiente. Al crear una cancillería de corte austriaca independiente y al establecer en su testamento los principios de indivisibilidad de Austria y de primogenitura en su familia, hizo una contribución esencial a la integración nacional del país. Sin embargo, al mantener las provincias y los estados históricos del país, tras su sometimiento, preservó el principio del federalismo en Austria. Los contemporáneos católicos de Fernando le consideraban un monarca santo; sus oponentes protestantes le temían como un tirano. La historiografía católica romana del siglo XIX le asignó un lugar demasiado elevado, mientras que los historiadores liberales probablemente subestimaron su importancia. Los historiadores modernos tienden a considerar la política religiosa de Fernando como determinada por su tiempo, a reconocer su importancia en el moldeado de las provincias de Austria en un todo integral, y a ver en su política imperial un intento de crear un estado alemán católico romano, aunque se llevara a cabo de forma inconsistente.
Hans Sturmberger