La estación abrió junto con las otras estaciones del COASTER cuando el servicio ferroviario comenzó el 27 de febrero de 1995, dando servicio a las comunidades del sur de Carlsbad en contraste con la estación de Carlsbad Village.
El 7 de octubre de 2013, el Amtrak Pacific Surfliner comenzó a parar en cuatro estaciones del COASTER: Carlsbad Village, Carlsbad Poinsettia, Encinitas y Sorrento Valley. Amtrak abandonó el servicio a Carlsbad Poinsettia y Encinitas el 9 de octubre de 2017 debido al bajo número de pasajeros.
Con el aumento del número de pasajeros y la demanda de expansión, la estación se sometió a una renovación de treinta y cuatro millones de dólares a partir de mayo de 2018. Los andenes se alargaron a 300 m para dar cabida a trenes más largos, y también se elevaron para facilitar la accesibilidad y el embarque. Se construyó un paso subterráneo para peatones (que sustituye a los dos pasos de peatones a nivel que hay en cada extremo de los andenes) y se colocó un vallado entre las vías, lo que permite el paso de dos trenes a la vez por la estación. Además, las vías y los andenes se reajustaron ligeramente al oeste de sus antiguas ubicaciones, y se instalaron nuevas señalizaciones y marquesinas. El proyecto se completó finalmente en febrero de 2020.