La conquista y colonización española de El Salvador comenzó en 1524 con la llegada de una expedición procedente de Guatemala dirigida por Pedro de Alvarado. Las tropas de Alvarado se encontraron con la decidida oposición de una tribu nahua, los pipiles, que ocupaban gran parte de la región al oeste del río Lempa. Sin embargo, la superioridad táctica y de armamento permitió a los españoles avanzar hasta la capital pipil de Cuscatlán. Alvarado regresó pronto a Guatemala, pero una segunda expedición, en 1525, fundó una ciudad española llamada San Salvador cerca del lugar de Cuscatlán. Sin embargo, los guerreros pipiles obligaron a los colonos españoles a retirarse, y la comunidad sería reubicada varias veces antes de establecerse definitivamente en 1528.
A partir de entonces, la ciudad de San Salvador serviría como capital de una provincia del mismo nombre que incluía la mayor parte de las tres cuartas partes del territorio del actual El Salvador. La zona al oeste (que comprende las actuales regiones de Sonsonate, Santa Ana y Ahuachapán), que los pipiles llamaban Izalcos, se organizó en 1558 como la provincia autónoma de Sonsonate y no se incorporaría como parte de El Salvador hasta 1823.
Las tierras que formarían El Salvador se convirtieron en el corazón agrícola de la capitanía general de Guatemala. Aunque la mayoría de los habitantes se vieron obligados a depender de la agricultura de subsistencia, los españoles más afortunados encontraron riqueza en la exportación de una variedad de productos locales, todos los cuales experimentaron períodos de «auge y caída». El cacao fue la fuente de riqueza más importante durante el siglo XVI. El aumento de la competencia de otras colonias provocó un notable descenso de los ingresos procedentes del cacao hacia 1590, y el siglo siguiente fue claramente un periodo de estancamiento para la región. La recuperación de la década de 1700 se produjo gracias al aumento de las exportaciones de añil.
El comercio del añil condujo al desarrollo de una forma bastante sofisticada de agricultura comercial y a la creación de grandes fincas gestionadas por familias cuyos miembros desempeñaban un papel destacado en los asuntos provinciales. Para los indígenas, sin embargo, el auge del añil significó principalmente una carga adicional para una mano de obra ya agotada.