El trabajo principal de la digestión tiene lugar en el intestino delgado, que tiene la notable longitud de 21 pies. El intestino delgado descompone las grasas, los almidones y las proteínas en ácidos grasos, azúcares simples y aminoácidos, que luego puede absorber.
Los alimentos que se ingieren suelen tardar entre tres y cinco horas en pasar por el intestino delgado. Durante este tiempo, los alimentos se bañan en enzimas y jugos digestivos que fluyen hacia el intestino a través de los conductos del hígado y el páncreas. La bilis, producida por el hígado y almacenada en la vesícula biliar, emulsiona las grasas, permitiendo su absorción. Las enzimas secretadas por el páncreas, como la tripsina, la amilasa y la lipasa, ayudan a digerir las proteínas, los hidratos de carbono y las grasas. Una vez reducidos a productos que el cuerpo puede manejar, los nutrientes de los alimentos digeridos son absorbidos por el fino revestimiento del intestino y enviados a las células de todo el cuerpo a través del torrente sanguíneo y el sistema linfático.
Los alimentos se mueven a través del intestino delgado como en una cinta transportadora. El primer paso, después de que el estómago vacíe los alimentos a través del esfínter pilórico, es el duodeno, de un metro de largo, situado unos centímetros por encima del ombligo. Muchos minerales, como el hierro y el calcio, se absorben en el duodeno. También es aquí donde se unen la bilis y los jugos pancreáticos.
Después del duodeno, la siguiente parte del intestino delgado es el yeyuno, que mide dos metros de longitud. En el yeyuno, las grasas, los almidones y las proteínas se descomponen y se absorben aún más.
La tercera y más baja porción del intestino delgado, el íleon, mide aproximadamente 12 pies de largo. El íleon absorbe agua, así como vitamina B12 y sales biliares.