John Wilkes Booth salta del palco presidencial en el Teatro Ford tras disparar a Lincoln y apuñalar al comandante Rathbone.
El 11 de abril de 1865, dos días después de la rendición de Lee en Appomattox, Lincoln pronunció un discurso en el que expuso sus planes de paz y reconstrucción. En la audiencia estaba John Wilkes Booth, un actor de éxito, nacido y criado en Maryland. Booth era un ferviente creyente en la esclavitud y la supremacía blanca. Al escuchar las palabras de Lincoln, le dijo a un compañero: «Ahora, por Dios, lo haré pasar. Ese es el último discurso que pronunciará».
Después de fracasar en dos intentos a principios de año de secuestrar al Presidente, Booth decidió que Lincoln debía ser asesinado. Su conspiración tenía un gran diseño. Booth y sus colaboradores decidieron asesinar al Presidente, al Vicepresidente Andrew Johnson y al Secretario de Estado William Seward en la misma noche. Lincoln decidió asistir a una comedia británica, Our American Cousin, en el Teatro Ford, protagonizada por la famosa actriz Laura Keene. Ulysses S. Grant había planeado acompañar al Presidente y a su esposa, pero durante el día decidió ver a su hijo en Nueva Jersey. Esa noche asistieron a la obra con los Lincoln el comandante Henry Rathbone y su prometida, Clara Harris, hija de un prominente senador.
Esta octavilla anuncia los asesinatos del presidente Lincoln y del secretario de Estado Seward. De hecho, Seward sobrevivió al ataque.
En medio de la obra de esa noche, Booth se deslizó en la entrada del palco del Presidente, sosteniendo una daga en su mano izquierda y una pistola Derringer en la derecha. Disparó la pistola a seis pulgadas de Lincoln y cortó el brazo de Rathbone con su cuchillo. A continuación, Booth saltó por encima de la parte delantera del palco del Presidente, se enganchó la pierna derecha con una bandera y aterrizó en el escenario, rompiéndose la pierna. Agitó su daga y gritó lo que se dice que es Sic semper tyrannis – latín para «así sea siempre para los tiranos». Algunos dicen que dijo: «El Sur es vengado». Luego corrió cojeando fuera del teatro, saltó a su caballo y cabalgó hacia Virginia.
La bala entró en la cabeza de Lincoln justo detrás de su oreja izquierda, le atravesó el cerebro y se alojó justo detrás de su ojo derecho. La herida era mortal. Lincoln fue llevado a una pensión cercana, donde murió a la mañana siguiente. Los otros objetivos escaparon de la muerte. Lewis Powell, uno de los cómplices de Booth, fue a la casa de Seward, apuñaló e hirió gravemente al Secretario de Estado, pero Seward sobrevivió. Otro cómplice, George Atzerodt, no se atrevió a intentar asesinar al vicepresidente Johnson.
Dos semanas después, el 26 de abril, la caballería de la Unión atrapó a Booth en un granero de tabaco de Virginia. Los soldados tenían órdenes de no disparar y decidieron quemarlo fuera del granero. Se inició un incendio. Antes de que Booth pudiera reaccionar, el sargento Boston Corbett apuntó y disparó mortalmente a Booth. El asesino moribundo fue arrastrado hasta un porche donde sus últimas palabras fueron: «¡Inútil… inútil!»
Los conspiradores del asesinato del presidente fueron juzgados ante un tribunal militar conocido como la Comisión Hunter.
Un tren transportó el cuerpo de Lincoln por un tortuoso camino de vuelta a casa para ser enterrado en Springfield, Illinois. Una nación en duelo acudió por cientos de miles a despedirse de su Presidente, el primero en caer por la bala de un asesino.