Die spanische Eroberung und Kolonisierung von El Salvador begann 1524 mit der Ankunft einer Expedition aus Guatemala unter der Führung von Pedro de Alvarado. Alvarados Truppen stießen auf den entschlossenen Widerstand eines Nahua-Stammes, der Pipil, der einen Großteil der Region westlich des Lempa-Flusses besetzte. Dank überlegener Taktik und Bewaffnung gelang es den Spaniern jedoch, bis zur Pipil-Hauptstadt Cuscatlán vorzudringen. Alvarado kehrte bald nach Guatemala zurück, doch eine zweite Expedition im Jahr 1525 gründete in der Nähe von Cuscatlán eine spanische Stadt namens San Salvador. Pipil-Krieger zwangen die spanischen Siedler jedoch zum Rückzug, und die Gemeinde wurde mehrmals umgesiedelt, bevor sie 1528 endgültig gegründet wurde.
Danach diente die Stadt San Salvador als Hauptstadt der gleichnamigen Provinz, die den größten Teil der östlichen drei Viertel des Gebiets des heutigen El Salvador umfasste. Das Gebiet im Westen (das die heutigen Regionen Sonsonate, Santa Ana und Ahuachapán umfasste), das die Pipil Izalcos nannten, wurde 1558 als autonome Provinz Sonsonate organisiert und erst 1823 in El Salvador eingegliedert.
Das Land, aus dem El Salvador entstehen sollte, wurde zum landwirtschaftlichen Kernland des Generalkapitanats Guatemala. Obwohl die meisten Einwohner auf Subsistenzlandwirtschaft angewiesen waren, fanden die wohlhabenderen Spanier ihren Reichtum im Export einer Vielzahl lokaler Produkte, die allesamt Zeiten des Aufschwungs und der Flaute erlebten. Im 16. Jahrhundert war der Kakao die wichtigste Quelle des Reichtums. Die zunehmende Konkurrenz durch andere Kolonien führte bis 1590 zu einem deutlichen Rückgang der Kakaoeinnahmen, und das folgende Jahrhundert war für die Region eindeutig eine Zeit der Stagnation. Der Indigohandel führte zur Entwicklung einer recht anspruchsvollen Form der kommerziellen Landwirtschaft und zur Schaffung großer Ländereien, die von Familien betrieben wurden, deren Mitglieder eine führende Rolle in den Angelegenheiten der Provinz spielten. Für die einheimische Bevölkerung bedeutete der Indigo-Boom jedoch vor allem eine zusätzliche Belastung für die ohnehin erschöpften Arbeitskräfte.