Po stažení obou stran (a uznání nezávislosti Chorvatska) se podobná dynamika začala rozvíjet i v Bosně a Hercegovině. Tato republika následovala příkladu Chorvatska a Slovinska a vyhlásila nezávislost v březnu 1992, ačkoli srbští představitelé v té době již vyhlásili vlastní nezávislost na zbytku republiky. Následný konflikt se nejintenzivněji týkal civilního obyvatelstva ve východních a západních oblastech Bosny, kde srbské milice bojovaly za negaci bonské nezávislosti – a pokud se jim to nepodařilo, za likvidaci bosňáckého obyvatelstva v těchto oblastech. Mezinárodní reakcí na tuto kampaň bylo vytvoření „bezpečných oblastí“, v nichž měli být bosňáčtí civilisté chráněni před srbskými milicemi. Milice se však přesto na bezpečné oblasti zaměřily. Nejznámější je případ, kdy srbská milice obsadila bezpečnou oblast ve městě Srebenica, což vedlo převážně bosňácké civilní obyvatelstvo k hledání útočiště na nedaleké základně OSN. Tam však síly vedené vůdcem milice Ratkem Mladičem přesvědčily jednotky OSN, aby jim umožnily oddělit muže od žen a dětí. Ti byli deportováni do zóny kontrolované bosňáckými silami. Ti první, kterých bylo přes 7 000, byli zmasakrováni. Následná judikatura Mezinárodního trestního soudu pro Jugoslávii i Mezinárodního soudního dvora určila, že masakr představoval genocidu.
Později se oddělily zbývající jugoslávské republiky Makedonie a Černá Hora a také bývalá autonomní provincie Kosovo. V každém z těchto případů existovalo násilí na civilním obyvatelstvu vymezeném na základě identity, nejintenzivněji v Kosovu. V roce 1999 provedly multilaterální síly deset týdnů trvající bombardovací kampaň proti srbským silám, které se podle obav západních představitelů chystaly v Kosovu provést další kampaň etnických čistek v reakci na kosovské aspirace na nezávislost.
V rámci programu Genocide Studies proběhla řada seminářů týkajících se událostí na Balkáně. Jasmina Besirevic-Regan, přednášející a děkanka Trumbull College na Yaleově univerzitě, je členkou rady poradců GSP.