Léčba genderové dysforie se zaměřuje na zmírnění pacientova trápení v souvislosti s jeho genderovou identitou. To často znamená psychoterapii – a zejména dialektickou behaviorální terapii -, při níž terapeut potvrzuje jejich emoce a pomáhá jim rozvíjet účinné dovednosti zvládání, aby se vyhnuli například sebepoškozování a sebevraždě. Pokud jejich potíže vedou k depresi nebo úzkosti, mohou být léčeny pomocí terapie nebo léků. Terapeuti také pracují s pacienty s genderovou dysforií a jejich rodinami, aby jim pomohli určit nejlepší způsob, jak utvářet své pohlavní projevy pro co nejzdravější výsledek.
Někteří pacienti si přejí hormonální terapii nebo operaci změny pohlaví, jiní ne. Transgenderové a endokrinologické organizace doporučují počkat se zahájením hormonální léčby alespoň do 16 let, ale je třeba zvážit, co je pro daného jedince nejlepší. Hormonální léčba potlačující pubertu po dobu až několika let se někdy používá proto, aby pacient získal čas na rozhodnutí, zda podstoupit chirurgický zákrok; protože zastavuje vývoj sekundárních pohlavních znaků – vývoj prsou nebo prohloubení hlasu a růst ochlupení na obličeji -, zabraňuje také dalšímu trápení, které pacientovi způsobuje jeho tělo, jež se chová jinak, než odpovídá jeho potvrzenému pohlaví.
.