Mediální impérium
S příchodem nového století Murdoch nadále rozšiřoval majetek společnosti News Corp a ovládal stále více médií, která lidé denně sledují. V roce 2005 koupil společnost Intermix Media, vlastníka populární sociální sítě MySpace.com. O dva roky později, v roce 2007, se tento dlouholetý novinový magnát sám dostal na titulní stránky novin, když koupil společnost Dow Jones, vlastníka deníku Wall Street Journal.
Murdoch sklidil širokou kritiku za monopolní kontrolu nad mezinárodními médii a také za své konzervativní politické názory, které se často odrážejí ve zpravodajství Murdochem kontrolovaných stanic, jako je například Fox News. V amerických volbách v polovině volebního období v roce 2010 věnovala společnost News Corp po 1 milionu dolarů Republikánské asociaci guvernérů a Americké obchodní komoře, skupině podporující republikánské kandidáty. Kritici namítali, že majitel hlavních zpravodajských zdrojů pokrývajících volby by neměl přispívat přímo na příslušné politické kampaně.
Murdochovo impérium však dostalo v roce 2011 významnou ránu. Jeho londýnský bulvární deník The News of the World byl zapleten do skandálu s hackerskými útoky na telefony. Několik redaktorů a novinářů bylo obviněno z nelegálního přístupu k hlasovým zprávám některých předních britských osobností. Sám Rupert byl ještě téhož roku předvolán k výpovědi a News of the World uzavřel. Společnost News Corp později vyplatila odškodné některým osobám, které byly hacknuty.
I přes tento skandál si News Corp udržuje významný podíl prakticky ve všech formách médií po celém světě. Murdoch vlastní mnoho knih a novin, které lidé čtou, televizních pořadů a filmů, které sledují, rozhlasových stanic, které poslouchají, webových stránek, které navštěvují, a blogů a sociálních sítí, které vytvářejí. V roce 2013 oznámil významnou restrukturalizaci svého impéria. Murdoch se rozhodl rozdělit své podnikání na dvě společnosti – 21st Century Fox Inc. a News Corp. Tímto krokem oddělil své zábavní holdingy od svých vydavatelských zájmů. Podle Los Angeles Times Murdoch vysvětlil, že „obě společnosti budou mít jedinečnou pozici pro realizaci svých strategických cílů a pro vedení svých odvětví vpřed.“
Ačkoli si nikdy nedokázal představit, jakou moc bude jednou mít, byl tento druh vlivu přesně tím, o co Murdoch jako mladý vydavatel budující své impérium usiloval. „Cítil jsem vzrušení a moc,“ vzpomíná. „Ne hrubou moc, ale schopnost ovlivnit alespoň agendu toho, co se děje.“ A po šesti desetiletích práce v médiích Murdoch prohlásil, že si svůj život nedokáže představit jinak. „Pokud pracujete v médiích, zejména v novinách, jste v centru všeho zajímavého, co se ve společnosti děje, a nedokážu si představit jiný život, kterému by se člověk chtěl věnovat,“ řekl.
Nové vedení a prodej společnosti Disney
V červnu 2015 se objevila zpráva, že Murdoch předá vedení společnosti 21st Century Fox svému synovi Jamesovi. Murdoch by v organizaci zůstal jako výkonný spolupředseda a o tuto funkci by se dělil se svým nejstarším synem Lachlanem.
V červenci 2016 odstoupil Roger Ailes, předseda představenstva a generální ředitel Fox News a skupiny televizních stanic Fox, kvůli žalobě za sexuální obtěžování, kterou podala moderátorka televize Fox Gretchen Carlsonová. Murdoch oznámil, že dočasně převezme Ailesovu funkci.
V rámci restrukturalizace společnosti 21st Century Fox zahájila společnost jednání se společností Walt Disney o prodeji svých nemovitostí. Ačkoli se uvádělo, že jednání skončila v listopadu 2017, během několika týdnů byla údajně obnovena a společnost Fox zvažovala nabídky na své filmové a kabelové sítě a mezinárodní divize.
V polovině prosince bylo dosaženo podmínek dohody, podle níž společnost Disney koupí většinu společnosti 21st Century Fox v rámci transakce zahrnující všechny akcie v hodnotě přibližně 52,4 miliardy USD. Murdoch, který si ponechal kontrolu nad Fox News, vysílací sítí Fox a kabelovým sportovním kanálem FS1, uvedl, že tato aktiva vyčlení do nově kótované společnosti.
V únoru 2018 odhalil článek na titulní straně časopisu Wired podrobnosti o probíhajícím sporu mezi Murdochem a generálním ředitelem Facebooku Markem Zuckerbergem. Tento spor se údajně datuje přinejmenším od roku 2007, kdy byla Murdochova společnost News Corp. obviněna, že se pokusila rozpoutat skandál týkající se přítomnosti sexuálních predátorů na Facebooku. Později, při setkání v roce 2016, si Murdoch vzal Zuckerberga na paškál za to, že změnil algoritmus zpravodajského kanálu Facebooku, čímž dal sociální platformě moc dramaticky ovlivnit návštěvnost jiných stránek. News Corp. údajně pohrozila odvetou prostřednictvím lobbistických snah a spuštěním protifacebookové kampaně prostřednictvím mnoha svých prodejních míst.
Když Murdoch stále čekal na schválení své rozsáhlé dohody se společností Disney, snažil se zvýšit podíl společnosti 21st Century Fox v britské Sky News. Tato transakce však narazila na překážku ze strany politiků a regulačních orgánů kvůli obavám z monopolu 21st Century Fox na britském zpravodajském trhu, přestože společnost trvala na tom, že Sky News si zachová redakční nezávislost.