Jan van Helmont byl malíř historických námětů, žánrových scén a portrétů. Namaloval mnoho portrétů významných osobností své doby včetně Johannese Jacoba Moretuse a jeho manželky Theresie Mechtildis Schildersové (1717, Plantin-Moretus Museum), tehdejších majitelů antverpské tiskárny Plantin Moretus. Pravidelně dostával zakázky od antverpských městských úřadů na malbu portrétů historických osobností, jako byl Alexander Farnese, vévoda parmský, a na restaurování portrétů 34 panovníků ve státním sále antverpské radnice.
Některé van Helmontovy portrétní malby později vyryl nizozemský rytec Jacob Houbraken. Příkladem je Portrét Adriaana van Borssele van der Hooge, který Houbraken vyryl podle kresby, kterou vytvořil Aart Schouman podle obrazu Jana van Helmonta. Jan van Helmont vytvořil návrhy pro rytiny antverpského rytce Gaspara Bouttatse. Příkladem je erb v oválu lemovaný anděly (asi 1674, Britské muzeum), což je Bouttatsova rytina podle van Helmontovy kresby pamětní desky pro urozenou paní Isabelle de Berchem.
Jan van Helmont vytvořil historické obrazy s náboženskou tematikou pro kostely po celém Flandersku, mimo jiné v Aalstu, Willebroeku a Wambeeku.
Sbírka Vojenského historického muzea ve Vídni vlastní „scénu ve strážnici“ od Jana van Helmonta. Scéna ze strážnice obvykle zobrazuje výjev s důstojníky a vojáky, kteří se věnují veselí. Ve scénách ze strážnice se často objevovali žoldnéři a prostitutky, kteří se dělili o kořist, obtěžovali zajatce nebo se oddávali jiným formám zavrženíhodných činností. Tento žánr se stal populárním v polovině 17. století, zejména v Nizozemské republice. Ve Flandrech se tomuto žánru věnovalo také několik tvůrců, například David Teniers mladší, Abraham Teniers, Anton Goubau, Cornelis Mahu, Jan Baptista Tijssens mladší a otec Jana van Helmonta Mattheus. Van Helmontova kompozice zobrazuje vojáky před branou. Vlevo je voják držící prapor nad dělem, hromada zbraní, brnění a buben. Zbroj zobrazená na obraze byla v době jeho vzniku již zastaralá, protože kovové zbroje, náprsní pláty a přilby se od 20. let 16. století přestaly používat. Je možné, že v souladu s moralizujícím záměrem žánru je zbroj odkazem na motiv vanitas o pomíjivosti moci a slávy
.