Honduras je druhou největší zemí Střední Ameriky. Na severu sousedí s Guatemalou, na západě se Salvadorem a na jihu s Nikaraguou. Jeho hranice jsou vymezeny vodami. Karibské moře se táhne napříč celým honduraským pobřežím a Honduras protékají řeky Rio Montagua a Rio Coco. V těchto vodách se nachází také řada malých i velkých ostrovů, které spadají do území Hondurasu.
Krásné hory jsou charakteristickým rysem vnitrozemí Hondurasu. Tvoří více než 80 % rozlohy země. Západní pohoří jsou úchvatná, nejvyšší vrcholy dosahují téměř 9 000 stop. Honduraská pohoří jsou rozdělena dlouhou kotlinou, která se táhne od severu k jihu a tvoří jedinou nížinu ve vnitrozemí země.
Severní pobřeží Hondurasu tvoří říční údolí a nízké pobřežní nížiny. Pobřeží v blízkosti guatemalských hranic je silně zastavěné; východní pláže jsou rozhodně přívětivější pro cestovatele, kteří na své plavbě malou lodí do Hondurasu hledají trochu samoty. Honduras má velmi krátké pobřeží podél Pacifiku, které je poněkud bažinaté a poseté mangrovovými porosty.