Viz Kontraindikace. Vyhněte se současnému podávání vorikonazolu; v případě potřeby pečlivě sledujte, zvláště pokud je podán do 24 hodin po flukonazolu. Opatrně s amiodaronem (esp. s vysokými dávkami flukonazolu), dalšími léky metabolizovanými CYP2C9 a CYP3A4 s úzkým terapeutickým oknem. Potencuje warfarin, sulfonylureu, perorální midazolam, teofylin, tofacitinib, tolvaptan, triazolam, alfentanil, amitriptylin, nortriptylin, saquinavir, sirolimus, karbamazepin, NSAID, zidovudin; podle potřeby upravte dávku. Může zvýšit hladiny fenytoinu, halofantrinu, ibrutinibu, metadonu, rifabutinu, takrolimu, vinca alkaloidů, cyklosporinu, fentanylu, CCB, losartanu; sledovat. Současné podávání celekoxibu: snížit dávku celekoxibu na polovinu. Zvýšené riziko myopatie/rabdomyolýzy při současném podávání inhibitorů HMG-CoA reduktázy; pečlivě sledovat. Vyhněte se souběžnému podávání olaparibu; pokud je to nevyhnutelné, snižte jeho dávku. Může být potencován diuretiky. Může být antagonizován perorálním cimetidinem, rifampinem. Současné podávání prednisonu: při vysazení flukonazolu sledovat, zda nedochází k insuficienci kůry nadledvin. Účinky na CNS s vitaminem A. Perorální kontraceptiva: viz úplné označení. Vyhněte se jiným hepatotoxickým lékům.