John Wilkes Booth vyskočil z prezidentské lóže ve Fordově divadle poté, co zastřelil Lincolna a pobodal majora Rathbona.
Dva dny po Leeově kapitulaci u Appomattoxu, 11. dubna 1865, Lincoln přednesl projev, v němž nastínil své plány na mír a obnovu. V publiku byl John Wilkes Booth, úspěšný herec, který se narodil a vyrostl v Marylandu. Booth byl horlivým zastáncem otroctví a nadřazenosti bělochů. Když slyšel Lincolnova slova, řekl svému společníkovi: „Teď ho, proboha, proklepnu. To je jeho poslední projev v životě.“
Po dvou neúspěšných pokusech o únos prezidenta na začátku roku se Booth rozhodl, že Lincolna musí zabít. Jeho spiknutí mělo velkolepý záměr. Booth a jeho spolupracovníci se rozhodli zavraždit prezidenta, viceprezidenta Andrewa Johnsona a ministra zahraničí Williama Sewarda během jednoho večera. Lincoln se rozhodl navštívit ve Fordově divadle britskou komedii Náš americký bratranec se slavnou herečkou Laurou Keeneovou v hlavní roli. Ulysses S. Grant měl v plánu doprovázet prezidenta a jeho ženu, ale během dne se rozhodl navštívit svého syna v New Jersey. Toho večera se hry s Lincolnovými zúčastnil i major Henry Rathbone a jeho snoubenka Clara Harrisová, dcera významného senátora.
Tento prospekt oznamuje atentát na prezidenta Lincolna a ministra zahraničí Sewarda. Ve skutečnosti Seward útok přežil.
Uprostřed hry té noci Booth vklouzl do vchodu do prezidentské lóže, v levé ruce držel dýku a v pravé pistoli Derringer. Vystřelil z pistole šest palců od Lincolna a nožem pořezal Rathbonea na ruce. Booth pak přeskočil přední část prezidentské lóže, zachytil se pravou nohou o praporek a dopadl na jeviště, kde si zlomil nohu. Mávl dýkou a vykřikl údajně něco jako Sic semper tyrannis – latinsky „tak budiž navždy tyranům“. Někteří uvádějí, že řekl: „Jih je pomstěn.“ Pak kulhavě vyběhl z divadla, naskočil na koně a odjel směrem k Virginii.
Kule pronikla Lincolnovi do hlavy těsně za levým uchem, protrhla mu mozek a uvízla těsně za pravým okem. Zranění bylo smrtelné. Lincoln byl převezen do nedalekého penzionu, kde následujícího rána zemřel. Ostatní cíle smrti unikly. Lewis Powell, jeden z Boothových kompliců, šel do Sewardova domu, pobodal a vážně zranil ministra zahraničí, ale Seward přežil. Další komplic, George Atzerodt, se nedokázal odhodlat k pokusu o atentát na viceprezidenta Johnsona.
O dva týdny později, 26. dubna, uvěznila Bootha ve virginské tabákové stodole kavalerie Unie. Vojáci měli rozkaz nestřílet a rozhodli se ho ze stodoly vypálit. Vznikl požár. Než Booth stačil zareagovat, seržant Boston Corbett zamířil a Bootha smrtelně postřelil. Umírajícího atentátníka odvlekli na verandu, kde jeho poslední slova, která pronesl, zněla: „Zbytečný … zbytečný!“
Spiklenci z atentátu na prezidenta byli souzeni před vojenským tribunálem známým jako Hunterova komise.
Vlak vezl Lincolnovo tělo okružní cestou domů, kde bylo pohřbeno ve Springfieldu ve státě Illinois. Truchlící národ se po statisících přišel rozloučit se svým prezidentem, který jako první padl kulkou atentátníka.
.