John Wilkes Booth springt aus der Präsidentenloge im Ford’s Theater, nachdem er Lincoln erschossen und Major Rathbone erstochen hat.
Am 11. April 1865, zwei Tage nach Lees Kapitulation in Appomattox, hielt Lincoln eine Rede, in der er seine Pläne für Frieden und Wiederaufbau darlegte. Im Publikum saß John Wilkes Booth, ein erfolgreicher Schauspieler, der in Maryland geboren und aufgewachsen war. Booth war ein glühender Verfechter der Sklaverei und der weißen Vorherrschaft. Als er Lincolns Worte hörte, sagte er zu einem Begleiter: „Jetzt, bei Gott, werde ich ihn fertig machen. Das ist die letzte Rede, die er je halten wird.“
Nachdem zwei Versuche, den Präsidenten zu entführen, gescheitert waren, beschloss Booth, Lincoln zu töten. Seine Verschwörung war von großer Tragweite. Booth und seine Komplizen beschlossen, den Präsidenten, den Vizepräsidenten Andrew Johnson und den Außenminister William Seward noch am selben Abend zu ermorden. Lincoln beschloss, im Ford’s Theater die britische Komödie Our American Cousin mit der berühmten Schauspielerin Laura Keene in der Hauptrolle zu besuchen. Ulysses S. Grant hatte geplant, den Präsidenten und seine Frau zu begleiten, entschied sich aber im Laufe des Tages, seinen Sohn in New Jersey zu besuchen. In Begleitung der Lincolns besuchten Major Henry Rathbone und seine Verlobte Clara Harris, die Tochter eines prominenten Senators, die Aufführung.
Diese Breitseite kündigt die Ermordung von Präsident Lincoln und Außenminister Seward an. Tatsächlich überlebte Seward das Attentat.
Mitten in der Vorstellung an diesem Abend schlich sich Booth in den Eingang zur Loge des Präsidenten, in der linken Hand einen Dolch, in der rechten eine Derringer-Pistole. Er feuerte die Pistole fünf Zentimeter vor Lincoln ab und schlitzte Rathbone mit seinem Messer den Arm auf. Dann sprang Booth über die Vorderseite der Präsidentenloge, verfing sich mit dem rechten Bein in einer Fahne und landete auf der Bühne, wobei er sich das Bein brach. Er fuchtelte mit seinem Dolch und rief angeblich „Sic semper tyrannis“ – lateinisch für „So sei es den Tyrannen immer“. Einige berichteten, dass er sagte: „Der Süden ist gerächt“. Dann rannte er humpelnd aus dem Theater, sprang auf sein Pferd und ritt in Richtung Virginia davon.
Die Kugel drang direkt hinter dem linken Ohr in Lincolns Kopf ein, durchschlug sein Gehirn und blieb direkt hinter dem rechten Auge stecken. Die Verletzung war tödlich. Lincoln wurde in eine nahe gelegene Pension gebracht, wo er am nächsten Morgen starb. Die anderen Zielpersonen entkamen dem Tod. Lewis Powell, einer von Booths Komplizen, ging zum Haus von Seward, stach auf den Außenminister ein und verwundete ihn schwer, doch Seward überlebte. Ein anderer Komplize, George Atzerodt, konnte sich nicht dazu durchringen, ein Attentat auf Vizepräsident Johnson zu verüben.
Zwei Wochen später, am 26. April, stellte die Kavallerie der Union Booth in einer Tabakscheune in Virginia eine Falle. Die Soldaten hatten den Befehl, nicht zu schießen, und beschlossen, ihn aus der Scheune zu verbrennen. Ein Feuer wurde gelegt. Noch bevor Booth reagieren konnte, zielte Sergeant Boston Corbett und erschoss Booth tödlich. Der sterbende Attentäter wurde auf eine Veranda geschleppt, wo seine letzten Worte waren: „Nutzlos … nutzlos!“
Die Verschwörer des Attentats auf den Präsidenten wurden vor ein Militärtribunal gestellt, das als Hunter-Kommission bekannt wurde.
Ein Zug brachte Lincolns Leichnam auf einem Umweg nach Hause, wo er in Springfield, Illinois, beigesetzt wurde. Eine trauernde Nation kam zu Hunderttausenden, um sich von ihrem Präsidenten zu verabschieden, der als erster durch die Kugel eines Attentäters gefallen war.